Elanikud Lõuna-Sudaanis on võimalus jätkata kõrghariduse kas ülikoolis või kutsekoolis. Kuigi on puudus nii institutsioonid, mitmeid programme, mille abil laiendada praegust maastikku kõrghariduse Lõuna-Sudaanis.

Teadusmagistri kraadid on edasijõudnud taseme akadeemilised programmid, mida pakutakse kolledžites ja ülikoolides nendele tudengitele, kes on oma omandanud bakalaureusekraadi. MSc omandamine võib viia paremate erialaste ning isiklike võimalusteni.